宿遷市生態保護不到位，大運河宿遷段生態環境問題突出。2018年中央生態環境保護督察“回頭看”交辦宿遷市豫星化工公司在大運河岸線露天堆存磷石膏并向堆場偷排廢水問題后，宿豫區在場地內仍有數萬噸磷石膏堆存情況下，2019年7月上報完成整改并申請銷號。2019年11月江蘇省級生態環境保護督察指出該問題后，當地2020年6月在整改不到位的情況下再次上報完成整改銷號。此次督察進駐前，當地突擊清運磷石膏等固體廢物4.7萬余噸，并將大量固體廢物就地覆土掩埋，督察組指出該問題后，當地又清理出固體廢物混合土約4萬噸。對其析出的淋溶液抽樣監測，總磷、氨氮濃度分別達3350毫克/升、172毫克/升，對大運河水環境安全形成嚴重威脅。大運河規劃出臺以后，泗陽縣、宿豫區分別出讓大運河濱河生態空間2.4萬平方米、10.8萬平方米土地建設工業項目。江蘇惠然實業有限公司長期非法占用大運河鄰近約130畝土地堆放工業固體廢物。